Organizaciones filiales
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| MACRO | ORGANIZACIÓN | CARÁCTER | No. |
| MACRO NORTE 14 | ASOCIACIÓN INDÍGENA DE LA GUAJIRA WAYA WAYUU (La Guajira) | Zonal | 1 |
| ASOCIACIÓN DE JEFES FAMILIARES WAYUU DE LA ZONA NORTE DE LA ALTA GUAJIRA WAYUU ARAURAYU (La Guajira) | Zonal | 2 | |
| RESGUARDO INDÍGENA DE MAYABANGLOMA (La Guajira) | Zonal | 3 | |
| ASOCIACIÓN DE ALAULAYU Y CABILDOS INDÍGENAS WAYUU DEL SUR DE LA GUAJIRA - AACIWASUG (La Guajira) | Zonal | 4 | |
| ORGANIZACIÓN WAYUU PAINWASHI (La Guajira) | Zonal | 5 | |
| ORGANIZACIÓN INDÍGENA DE LA GUAJIRA YANAMA (La Guajira) | Zonal | 6 (afiliación en mayo 2013) | |
| ORGANIZACIÓN INDÍGENA KANKUAMA (OIK) | Regional | 7 | |
| PUEBLO YUKPA (Cesar) | Regional | 8 | |
| PUEBLO CHIMILA (Magdalena) | Regional | 9 | |
| CABILDO MAYOR REGIONAL DEL PUEBLO ZENÚ (Códoba y Sucre) | Regional | 10 | |
| CABILDO EMBERA DEL ALTO SAN JORGE (Córdoba) | Zonal | 11 | |
| ORGANIZACIÓN WIWA YUGUMAIUN BUNKUANARRUA TAYRONA - OWYBT (Cesar y La Guajira) | Regional | 12 | |
| PUEBLO MOKANA (Atlántico) | Regional | 13 | |
| RESGUARDO YUMA DE LAS PIEDRAS (Sucre) | Zonal | 14 (afiliación en julio 2017) | |
| MACRO OCCIDENTE 15 | CABILDOS MAYORES EMBERA KATÍO DEL ATO SINÚ - CAMAEMKA (Córdoba) | Zonal | 15 |
| ORGANIZACIÓN INDÍGENA DE ANTIOQUIA - OIA (Antioquia) | Regional | 16 | |
| CONSEJO REGIONAL INDÍGENA DE CALDAS - CRIDEC (Caldas) | Regional | 17 | |
| CONSEJO REGIONAL INDÍGENA DE RISARALDA - CRIR (Risaralda) | Regional | 18 | |
| ORGANIZACIÓN REGIONAL INDÍGENA DEL QUINDÍO -ORIQUIN (Quindío) | Regional | 19 | |
| ORGANIZACIÓN REGIONAL INDÍGENA DEL VALLE DEL CAUCA - ORIVAC (Valle del Cauca) | Regional | 20 | |
| ASOCIACIÓN DE CABILDOS INDÍGENAS DEL VALLE DEL CAUCA REGIÓN PACÍFICO - ACIVA R.P. (Valle del Cauca) | Zonal | 21 (afiliación en mayo 2013) | |
| CONSEJO REGIONAL INDÍGENA DEL CAUCA - CRIC (Cauca) | Regional | 22 | |
| CONSEJO REGIONAL INDÍGENA DEL HUILA - CRIHU (Huila) | Regional | 23 | |
| ASOCIACIÓN DE CABILDOS INDÍGENAS EPERARA SIAPIDAARA DE NARIÑO - ACIESNA (Nariño) | Regional | 24 | |
| UNIDAD INDÍGENA DEL PUEBLO AWÁ - UNIPA (Nariño) | Regional | 25 | |
| CABILDO MAYOR AWÁ DE RICAURTE - CAMAWARI (Nariño) | Zonal | 26 (afiliación en mayo 2013) | |
| ASOCIACIÓN DE CABILDOS INDÍGENAS EMBERA, WOUNAAN, KATÍO, CHAMÍ Y TULE DEL DEPARTAMENTO DEL CHOCÓ - ASOREWA (Chocó) | Regional | 27 | |
| FEDERACIÓN DE ASOCIACIONES DE CABILDOS INDÍGENAS DEL DEPARTAMENTO DEL CHOCÓ - FEDEOREWA (Chocó) | Zonal | 28 (afiliación en mayo 2013) | |
| CONSEJO REGIONAL INDÍGENA DEL CHOCÓ - CRICH (Chocó) | Zonal | 29 (afiliación en diciembre 2015) | |
| MACRO CENTRO ORIENTE 6 | CONSEJO REGIONAL INDÍGENA DEL TOLIMA - CRIT (Tolima) | Regional | 30 |
| ASOCIACIÓN DE AUTORIDADES TRADICIONALES Y CABILDOS U’WA - ASO'UWA (Norte de Santander, Boyacá y Arauca) | Regional | 31 | |
| ASOCIACIÓN DE AUTORIDADES TRADICIONALES DEL PUEBLO BARÍ - ÑATUBAIYIBARÍ (Norte de Santander) | Regional | 32 | |
| CABILDO INDÍGENA INGA DE BOGOTÁ (Cundinamarca) | Zonal | 33 (afiliación en julio 2017) | |
| COMUNIDAD DACHI DRUA (Puerto Parra, Santander) | Zonal | 34 (afiliación en diciembre 2015) | |
| PUEBLO MUISCA (Bogotá y Cundinamarca) | Regional | 35 | |
| MACRO ORINOQUÍA 4 | ASOCIACIÓN INDÍGENA UNUMA (Meta) | Regional | 36 |
| ORGANIZACIÓN REGIONAL INDÍGENA DE CASANARE -ORIC (Casanare) | Regional | 37 | |
| ASOCIACIÓN DE CABILDOS Y AUTORIDADES TRADICIONALES INDÍGENAS DEL DEPARTAMENTO DE ARAUCA - ASCATIDAR (Arauca) | Regional | 38 | |
| CONSEJO REGIONAL INDÍGENA DEL VICHADA - CRIVI (Vichada) | Regional | 39 | |
| MACRO AMAZONÍA 11 | ASOCIACIÓN DE AUTORIDADES INDÍGENAS DE LA PEDRERA AMAZONAS - AIPEA (Amazonas) | Zonal | 40 |
| ASOCIACIÓN DE CABILDOS INDÍGENAS DEL TRAPECIO AMAZÓNICO - ACITAM (Amazonas) | Zonal | 41 | |
| ASOCIACIÓN DE AUTORIDADES INDÍGENAS TICUNA, COCAMA Y YAGUA - ATICOYA (Amazonas) | Zonal | 42 | |
| ASOCIACIÓN ZONAL DE CONSEJO DE AUTORIDADES INDÍGENAS DE TRADICIÓN AUTÓCTONO - AZCAITA (Amazonas) | Zonal | 43 | |
| ASOCIACIÓN ZONAL DE CABILDOS Y AUTORIDADES TRADICIONALES DE LA CHORRERA AMAZONAS - AZICATCH (Amazonas) | Zonal | 44 | |
| ASOCIACIÓN DE AUTORIDADES INDÍGENAS DE TARAPACÁ AMAZONAS - ASOAINTAM (Amazonas) | Zonal | 45 | |
| CONSEJO INDÍGENA MAYOR DEL PUEBLO MURUI - CIMPUM (Amazonas) | Zonal | 46 (afiliación en mayo 2013) | |
| CABILDO INDÍGENA MAYOR DE TARAPACÁ - CIMTAR (Amazonas) | Zonal | 47 (afiliación en mayo 2015) | |
| CABILDO MAYOR KAMENTSÁ BIYÁ (Putumayo) | Zonal | 48 (afiliación en diciembre 2015) | |
| CABILDO MAYOR INDÍGENA INGA (Santiago, Putumayo) | Zonal | 49 (reactivación de la afiliación en julio 2018) | |
| ASOCIACIÓN DE AUTORIDADES TRADICIONALES INDÍGENAS CONSEJO REGIONAL INDÍGENA DEL ORTEGUAZA MEDIO CAQUETÁ - CRIOMC (Caquetá) | Regional | 50 | |
| TOTAL | 50 ASOCIACIONES, ORGANIZACIONES Y PUEBLOS INDÍGENAS FILIALES | ||
| No. filiales | MACRO REGIÓN | ||
| 14 | MACRO REGIÓN NORTE | ||
| 15 | MACRO REGIÓN OCCIDENTE | ||
| 6 | MACRO REGIÓN CENTRO ORIENTE | ||
| 4 | MACRO REGIÓN ORINOQUÍA | ||
| 11 | MACRO REGIÓN AMAZONÍA | ||
| 50 |